Seit 1996 besitzt die Stadtpfarrkirche eine neue Orgel der Orgelbaufirma Hubert Sandtner/Dillingen an der Donau. Das klangschöne Instrument besitzt 29 Register und ist mit einer 128-fachen Setzeranlage ausgestattet. Die Orgel hat sich aufgrund ihrer Klangvielfalt durch zahlreiche Konzerte etabliert. Renommierte Organisten konnten bisher zu Konzerten gewonnen werden, so Franz Lehrndorfer, Edgar Krapp, Harald Feller, Franz Josef Stoiber, Hans Leitner, Markus Willinger, Stefan Baier, Rudolf Fischer, Gerhard Siegl, Michael Schönheit und Sigrid Wildt.
Ebenso gastierten viele Chöre wie die "Regensburger Domspatzen" oder der "Münchner Frauenchor" in der Stadtpfarrkirche. Es werden regelmäßig Chor- und Orgelkonzerte angeboten.
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