Das Zentrum bildet der sechssäulige Hochaltar mit dem Tabernakel. Das Hochaltarbild zeigt die Aufnahme der Gottesmutter Maria in den Himmel (Willibald Wunderer 1779). Flankiert wird es von den beiden überlebensgroßen Figuren der Bistumspatrone Willibald und Walburga. Die beiden Seitenaltäre aus Holz vor den Freipfeilern der Kirche beherbergen rechts ein Altarbild mit den 14 Nothelfern (von W. Wunderer) flankiert durch Statuen von Anna und Joachim, links das Abendmahl flankiert von Johann Babtist und Moses. In den beiden Seitenkapellen kleinere Altäre mit Bildern von Chrysostomus Winck, in der nördlichen ein Altarblatt mit dem Hl. Josef, Antonius von Padua und Franz Xaver. In der südlichen Seitenkapelle eine Darstellung von Christus am Ölberg.

Von den wertvollen Epitaphien der Kirche kann man das wichtigste links vorne im Kirchenschiff bewundern, das Grabdenkmal des Propstes Georg Keller und seiner Gattin Helene Sauerzapf. Es ist ein Werk des berühmten Renaissance-Bildhauers Loy Hering (1484-1554).

Kanzel, schön geschnitzte Kirchenbänke, Beichtstühle und Zunftstangen aus dem 18. Jahrhundert runden das Bild der Kirche zu einer schönen Harmonie.